始新世に出現し、現生のネコ目内では起源が古く原始的な特徴を残した分類群だと考えられている[3]。 ファラノーク、フォッサ、マダガスカルジャコウネコといったマダガスカルに分布する種が含まれ、フォッサ亜科やエウプレルス亜科を構成する説もあった[3]。2003年に発表されたIRBPのエクソン・TTF遺伝子のイントロン・ミトコンドリアDNAのシトクロムb・ND2遺伝子の塩基配列を決定し最大節約法と最尤法、ベイズ法などによる系統解析では、マングース科のワオマングース亜科も含めたマダガスカルの食肉類のみで単系統群を形成することが強く示唆されEupleridae科を構成する説が有力とされる[5]。これらの系統解析によりキノボリジャコウネコがネコ型亜目Feliformia内でも初期に分化したことも示唆されたため、1属1種でキノボリジャコウネコ科Nandiniidaeを構成する説が有力とされる[5]。 オビリンサン属はジャコウネコ亜科に含める説があったが、臭腺がない・爪がひっこめられるなどの特徴から1属で亜科を形成する説も提唱されており[3]、以下の分類ではそれに従っている。独立した科を構成する説もある[4]。}
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